Cú đại bàng Pharaon là loài có lối sống một vợ một chồng và duy trì mối quan hệ này lâu dài. Sự sinh sản diễn ra vào cuối mùa đông và tổ được tạo trong một kẽ hở hoặc giữa các tảng đá. Con mái đẻ 2 trứng màu trắng trong 2-4 ngày và ấp trứng trong khoảng 31-36 ngày. Con non con được cả hai bố mẹ nuôi dưỡng. Chúng có thể rời khỏi tổ vào khoảng 20 đến 35 ngày tuổi nhưng vẫn còn phụ thuộc vào chim bố mẹ trong vài tháng nữa.[4]